Primeiro de tudo, passe por this sobre como alterar seu diretório raiz do apache para outra unidade.
Agora você tem que dar permissão a todos os usuários para fazer upload de arquivos em seu servidor no diretório raiz atual.
Execute o seguinte comando para dar permissão.
sudo chmod 777 /path/to/upload/folder
.
Depois disso, você poderá fazer o upload dos arquivos no diretório desejado.