Leia sobre o TestDisk aqui - > Tesdisk
Ele irá reconstruir a tabela de partições para que você possa acessar os dados. Eu acho que vai funcionar no seu drive USB.
É um command lines tool , mas você deve encontrar um tutorial sobre isso.
TestDisk está nos repositórios:
sudo apt-get install testdisk
Espero que funcione para você!