Instalar o pacote de extensão que você vinculou não seria um culpado. Em execução que irá instalar ou reinstalar as extensões.
Corrija seus pacotes quebrados executando os comandos nesta resposta .
Você pode ter que passar por eles mais de uma vez. Cada loop forneceria um resíduo de limpeza do loop anterior. Você depois de looping duas vezes você não deve receber nenhum erro ou aviso.