O tipo de sistema de arquivos pré-formatado não importa, pois o Linux irá reformatar a partição de destino durante a instalação, se não for adequado.
A parte da página da Web vinculada que contém as informações importantes é a seguinte:
% bl0ck_qu0te%Portanto, se você não for instalar uma versão pré-histórica do Linux (há o Linux 4.x a partir de agora), não haverá problemas.