Eu tive esse mesmo problema. Eu habilitei o espaço de trabalho de Aparência → Comportamento , e também tentei usar o Ubuntu Tweak, mas não use atalhos de teclado, mesmo que todos os padrões estivessem lá.
Eu, então, abri o CCSM para ter certeza de que o Desktop Wall estava habilitado. No meu caso, não foi, e assim que eu o habilitei, meus atalhos de teclado começaram a funcionar novamente.