Se por um erro (por exemplo, executando sudo nautilus ) você moveu arquivos para a Lixeira como root, você pode excluir a pasta Trash executando o seguinte comando (com root super-usuário direitos ):
sudo rm -rf ~/.local/share/Trash/
A pasta Trash será criada novamente na próxima vez que você moverá os arquivos para Trash (esperamos que, desta vez, você execute o nautilus como usuário regular)