Se você não estiver executando no modo clássico, os aplicativos iniciados pelo snapd não poderão ler / gravar / modificar arquivos fora de sua gaiola. Você pode especificar a criação do arquivo pid dentro da cadeia ($ SNAP_DATA, por exemplo, /var/snap/dnsmasqd/current/dnsmasq.pid) com a opção -x ou --pid-file. Veja man dnsmasq.