Como eu sei, APT::Periodic::Update-Package-Lists "1"; define apenas os dias.
Como definir a hora das atualizações automáticas, por exemplo, todos os dias às 05:00?
O principal é o tempo. É necessário fazer a atualização quando o tráfego no site é mínimo. Atualização diária é apenas um exemplo, mas pode ser útil para atualizações de segurança.
Você pode desativar todas as atualizações automáticas e apenas escrever uma tarefa cron que verifique as atualizações em um horário específico.
O pacote cron-apt pode ser usado se você quiser baixar atualizações automaticamente quando a carga do servidor estiver baixa, mas revê-las antes da instalação. Mais informações aqui: link