Na linha 11, mude:
own_window_type override
para:
own_window_type normal
se isso não funcionar, tente desktop
em vez de normal
.
De acordo com problemas semelhantes em ( ubuntuforums.org - Conky, sobrepondo tudo ).
No meu próprio sistema eu uso normal
sem nenhum problema, entretanto o Conky permanece no monitor interno e eu não o movo para o monitor externo. Na verdade, nem tenho certeza se entendo o que você quer dizer com "trocar de área de trabalho". Eu usei Ctrl + Alt + F6 logado no console e depois mudei de volta para GUI com Ctrl + Alt + F7 se é isso que você quis dizer.