Encontrou uma solução. Foi apenas um arquivo ausente. Faça um
sudo cp /usr/share/applications/Thunar.desktop ~/.local/share/applications
e o problema deve ser resolvido.
Mas um problema permanece: Thunar permanece duas vezes no painel de encaixe.
sudo cp /usr/share/applications/xfce4-terminal.desktop ~/.local/share/applications
Para o terminal.