Procurei no Google e encontrei algumas soluções, mas nenhuma parece funcionar.
Eu tenho um Onyx Pro do System 76. A única mudança que fiz foi instalar o i3.
Meu mouse parece desaparecer mais quando está passando por vídeos no navegador, mas isso não está confirmado.
Eu tentei os dois itens a seguir:
CTRL + ALT + F1
then CTRL + ALT + F7
(para alternar para TTY1 e voltar) gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.cursor active false
Ambos não funcionaram, e essas parecem ser as únicas soluções para esse problema que vi, e é por isso que estou fazendo novamente a pergunta em uma versão mais recente.
Versões:
i3 version 4.12 (2016-03-06, branch "4.12")
lightdm 1.19.5
NVIDIA-SMI 375.26
Toda a saída