Os três arquivos que você possui são destinados a diferentes usos.
/etc/php/5.6/cli/php.ini
é para o programa PHP CLI, que você encontrou executando php
no terminal.
/etc/php/5.6/cgi/php.ini
é para o sistema php-cgi que não é especificamente usado nesta configuração.
/etc/php/5.6/apache2/php.ini
é para o plugin PHP usado pelo Apache. Este é o que você precisa editar para que as alterações sejam aplicadas à sua configuração do Apache.
/etc/php/5.6/fpm/php.ini
é para o processador php5-fpm
, que é um 'wrapper' compatível com fastcgi para processamento PHP (como passar do NGINX para php5-fpm
) e é executado como um processo independente no sistema (diferentemente de o plugin do Apache PHP)