É muito fácil.
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Primeiro insira seu SD no Sdcard Reader, deixe o Ubuntu montá-lo.
verifique o caminho de acesso para o cartão sd usandodf
Você terá alguma saída como estaFilesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on /dev/sda7 104087776 76247376 22529988 78% / /dev/sdd1 15549952 13056 15536896 1% /media/g/3630-6335
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Desmonte o sd usando
sudo umount /path/to/sd/card
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Formate o cartão usando
mkfs
sudo mkfs.vfat -F32 -v /path/to/sd/card
-F flag é para o sistema Fat32.
-v flag é para ser verboso