O Windows só vê a primeira partição em uma unidade flash. Na minha experiência, a formatação de uma unidade flash com várias partições no Windows pode impedi-lo.
No mínimo, Gparted ou Disks devem ser usados para reformatar o disco.
Mkusb é ainda melhor, pois tem uma opção Wipe e uma opção para redefinir a unidade para sua especificação original com a tabela de partições msdos e o formato FAT32.