Eu suponho que você tenha configurado suas configurações vpn graficamente através do gerenciador de rede. Ao configurar uma conexão vpn, você tem uma guia no lado chamado ipv4. Se você clicar nele, você receberá um formulário onde poderá definir o endereço DNS que deseja usar. Eu não testei isso, mas pelo que entendi, deveria funcionar.
Editar: Quando você configura uma conexão VPN, ela deve se parecer com algo assim: Defina o endereço DNS para a conexão VPN