Se o seu objetivo é alterar Alt_L e ISO_Level3_Shift, acho que esse comando faz o que você quer:
setxkbmap -option lv3:ralt_alt -option lv3:lalt_switch
Em caso afirmativo, você pode tornar a alteração persistente para seu usuário por meio deste comando:
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['lv3:ralt_alt', 'lv3:lalt_switch']"