Você realmente deve ter backups de tudo, esteja você migrando para o Linux ou não. Certamente, se você for instalar o Linux, eu sugiro fazer o backup de ambas as unidades como imagens de disco para que tudo seja recuperável caso algo vá para o sul.
Assumindo que sua unidade C: é razoavelmente grande (praticamente falando, você provavelmente precisa de cerca de 10 GB de espaço livre para um sistema Linux útil, embora certamente possa obter menos), eu sugiro instalar o Linux no modo dual boot (alguns instaladores chamam isso de lado a lado ou ao lado). Isso significa atribuir parte do espaço livre no disco rígido atual como uma partição separada na qual o Linux está instalado. Isto dá-lhe um menu de inicialização a partir do qual você pode selecionar o Windows ou o Linux. Posteriormente, no Linux, você pode montar uma ou ambas as unidades do Windows e acessar os arquivos.
Na minha opinião, isso oferece o melhor de todos os mundos. Você tem um backup sólido, pode usar o Windows ou o Linux e pode usar os mesmos arquivos de dados nos dois sistemas operacionais.