Eu encontrei a solução, eu só precisava esclarecer o caminho para o aplicativo e, em seguida, alterar o comando exec para algo como abaixo:
[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=false
Icon=/usr/local/ampps/ampps.png
Name=AMPPS
Path=/usr/local/ampps/
Exec= gksudo -k -u root ./Ampps
Categories=Programming;Development;
StartupNotify=true
Espero resolver outros problemas.