Execute os comandos:
xinput set-button-map 9 1 0 3
xinput set-button-map 10 1 0 3
Explaination (gentilmente doado por @Yehosef ):
O primeiro número é o id do ponteiro (muitas vezes você tem apenas um, neste caso, dois, 9 e 10).
Os próximos números são o que você faz com o primeiro, segundo e terceiro (isto é, esquerda, meio, direita) botões do mouse. O "1 0 3" informa que o botão esquerdo deve fazer um clique esquerdo (ação 1), o botão do meio não deve fazer nada e o botão direito deve clicar com o botão direito (ação 3). Se você quiser fazer o botão do meio também clicar com o botão esquerdo, você pode usar "1 1 3". Se você quisesse mudar as ações direita e esquerda, você poderia usar "3 0 1". Veja o link para mais informações.