De um terminal (inicie um com Ctrl-Alt-t) digite
sudo apt-get purge fprintd
Em seguida, tente reinstalar e digitalizar novamente vários dedos.
Você percebe que qualquer coisa que depende do chaveiro ainda exigirá uma senha? Larguei a digitalização de impressões digitais porque ainda precisava de uma senha, e a digitalização foi apenas um passo extra.
O erro provavelmente é de outro processo que está executando a atualização ou, de alguma forma, acessando o diretório do pacote, talvez em segundo plano. Pare qualquer coisa como Software Updater ou synaptic e tente novamente. Se for apenas o arquivo de bloqueio, e não o diretório, você pode simplesmente excluí-lo e tentar novamente (use sudo no comando rm).