Na verdade, o objetivo que você está tentando alcançar aqui só pode ser feito através de um drive USB. Uma instalação ativa pode ser operada em qualquer dispositivo, conforme se ajusta de acordo com o sistema. Mas o mesmo não pode ser feito em um disco rígido externo. Você pode instalar o disco rígido e adicionar uma imagem de inicialização nele, portanto, inicializar a partir desse disco rígido específico, mas não há garantia de 100% de que ele será executado em todos os dispositivos porque sua instalação do Ubuntu foi definida de acordo com o PC que você usou para instalar o sistema operacional.
Mas ainda se você quiser instalar o Ubuntu em um hardrive externo você terá que particioná-lo. A melhor coisa a fazer é encolher essa partição em cerca de 20 GB (o que é mais do que suficiente para o Ubuntu) e criar novas partições lá. Use a ferramenta de gerenciamento de disco do Windows para reduzir a partição ou use o GParted no modo Ubuntu Live. Instale o Ubuntu nesta partição. Escolha o disco rígido externo como o dispositivo para instalação do GRUB (bootloader) também.
Experimente o método acima e depois me diga se você teve alguma sorte. Eu adoraria ver o trabalho do jeito que você queria.
% bl0ck_qu0te%