Um dos seus documentos que você postou indicou que seu sistema pode ser um bloco de anotações ASUS X550LD . Todos eles vêm com drives de disco giratórios, então eles serão mais lentos que os SSDs.
Apenas para comparar seu resultado com outro sistema, eu gerava o SVG para o meu próprio sistema, o que indica que meu tempo de inicialização é de cerca de 10 segundos no meu SSD.
Você mencionou que estava usando o Boxes pouco antes de isso acontecer. Então, tentar "desfazer" o que você estava fazendo no Boxes pode ajudar.
Os discos também diminuem quando chegam perto de ficarem cheios. Se o seu disco rígido estiver perto de estar cheio, isso pode ser parte do problema.
Você também não mencionou quais sistemas de arquivos estava usando. A escolha do sistema de arquivos também pode ser um fator.
Você também não mencionou se as Máquinas Virtuais estavam configuradas para iniciar na inicialização, o que poderia contribuir.
Eu analisei os arquivos que você postou e não houve uma causa óbvia para a lentidão, e é por isso que suspeito que possa estar relacionado a hardware.
Você também pode tentar usar um teste comparativo do disco rígido para confirmar o throughput que é capaz. Para comparação, aqui está o resultado de testar o SSD no meu laptop:
$ sudo hdparm -Tt /dev/sda
/dev/sda:
Timing cached reads: 11776 MB in 2.00 seconds = 5892.27 MB/sec
Timing buffered disk reads: 216 MB in 3.01 seconds = 71.77 MB/sec
Analisando sua saída hdparm
de acompanhamento, seu desempenho básico de disco para leituras de disco em buffer é péssimo - apenas cerca de 5 MB / s.
Este post diz "A modern 2.5" 5400 A unidade RPM deve ser capaz de atingir 100 MB / s. "
Pode haver mais de um fator em jogo, mas ter um HDD relativamente lento de 5.400 RPM é definitivamente parte de seu problema de desempenho lento.