Como meu comentário indica seu problema, você está executando aplicativos em sudo
, que está dando a propriedade dos arquivos em seu espaço pessoal para o usuário root.
Você adicionou uma resposta, que pode ter sido sua tentativa de responder ao meu comentário. Sua pergunta sugeriu que você tem vários aplicativos com os quais está tendo problemas. Você pode curar todos os problemas com duas linhas de comando.
Você pode verificar e ver quais arquivos não são de sua propriedade com esta linha de comando:
$ find ~/ -mount ! -user $(whoami)
Você pode apropriar-se dos arquivos em seu espaço com:
$ sudo chown -R $(whoami):$(whoami) ~/
Essas duas linhas de comando consertarão todas as permissões que você tem para todos os seus aplicativos.