É realmente muito ruim que isso tenha acontecido. Fico feliz que você tenha cartões de recuperação USB.
Eu acho (mas não tenho certeza) que o Windows foi hibernado ou semi-hibernado (alias inicialização rápida), o que significa que o Linux não pode ler os sistemas de arquivos e não deve ler os sistemas de arquivos. Mas isso também significa que o instalador não descobre o Windows.
É muito importante identificar o destino da instalação, para que você tenha 99,9% de certeza de que irá instalar na unidade correta.
A coisa boa é que você sabe "para sempre", que a instalação de um sistema operacional é arriscada. E você tem aqueles bastões de recuperação, então pode ser pior. É bom "Experimentar o Ubuntu" por um tempo considerável antes de decidir instalar.
Antes de instalar, lembre-se sempre de backup tudo o que você não pode perder (ou faça um backup completo, por exemplo, uma imagem compactada com Clonezilla ).
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Existe algum arquivo pessoal que você deseja recuperar? Nesse caso, não use a unidade [interna] exceto para recuperação, porque você pode sobrescrever o que deseja restaurar. Existe uma ferramenta, PhotoRec , que pode recuperar arquivos dos dados armazenados na memória da unidade sem um sistema de arquivos. É um trabalho árduo, porque os nomes de arquivos e a estrutura de diretórios são perdidos (exceto se o nome do arquivo estiver armazenado entre os dados do arquivo). Inicialize a partir de outra unidade, por exemplo, seu pendrive USB, instale o PhotoRec e recupere os arquivos importantes antes de fazer qualquer outra coisa com a unidade interna.