O comando
ps -Af|head
exibe o cabeçalho e os 9 primeiros processos. Isso ajuda você a identificar qual coluna contém o ID do processo (PID).
O comando
ps -Af|grep evince | grep abc.pdf
exibe processos em que o evince está executando arquivos, que contêm adc.pdf no nome do arquivo. Normalmente, será apenas um desses processos. E você mata como você fez manualmente, mas com esse comando no script.
Você pode criar uma variável que contenha o PID e usá-la para o comando kill. No meu sistema Lubuntu 16.04.1 LTS, a segunda coluna contém o PID. As duas linhas de comando a seguir devem executar o trabalho a partir de um arquivo shellscript.
pid=$(ps -Af|grep evince | grep abc.pdf| tr -s ' ' ' '|cut -d ' ' -f 2)
kill $pid
Você pode ter que modificar a primeira dessas linhas, de modo que escolha a coluna correta ou "campo" com a opção -f no final. (E você pode ter que modificar o nome do arquivo, se não for sempre abc.pdf.)