Eu experimentei o mesmo problema.
O flashing do JetPack não funcionou, mas notei algo estranho durante o processo de flashing (na página Component Manager, as ações em direção ao "Target - Jetson TX1" são puladas automaticamente). Não há mensagens de erro, então eu assumi o flash concluído, mas não é.
Eu ainda não sei porque isso aconteceu porque eu não fiz nada no meu computador host, mas depois de desinstalar o JetPack e reinstalá-lo, o processo se tornou normal. De qualquer forma, certifique-se de que o seu processo esteja concluído.
Isso pode não estar muito relacionado à pergunta, mas lembre-se de executar chmod +x JetPack-${VERSION}.run
para conceder permissão de execução antes de executar o JetPack. Eu sempre esqueço isso lol.