Deixando de lado o sources.list.d parece ser uma correção que pode não ser desejável, e pode na verdade não corrigir o problema da raiz. Especialmente se existem fontes que você realmente deseja manter. Acho que esta é a melhor resposta: dpkg error: " tentando sobrescrever o arquivo, que também está em ... "
Para esse problema específico, usei:
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/collada-dom2.4-sp-dev_2.4.4.1-ubuntu1~trusty1_amd64.deb
Nota: você vai querer substituir o arquivo .deb pelo que seu sistema está reclamando. Ainda não sabe o que está realmente causando esse problema com atualizações hoje ...?