Eu já vi isso nas últimas semanas em meus sistemas e, pelo menos no meu caso, relacionado a versões mais recentes do chrome, talvez um erro / travamento relacionado ao appindicator do chrome, também observei esse ícone ainda está aparecendo mesmo depois de fechar o chrome, mas não está aparecendo se eu usar somente o Firefox em toda a sessão.
Além disso, se você desativar a opção executar no plano de fundo do chrome, ela também não reaparecerá (perderá o recarregamento rápido e o plano de fundo executando o chrome-apps).