Resposta aprovada pelo OP nos comentários.
Você já tentou
CompizConfigSettingsManager-> Windows Management-> Place Windows
? Eu tenho isso acontecendo em 11.04 com um terceiro documento do Writer janela de abertura acima da primeira janela do documento Writer e, portanto, sob o painel superior. Isso não aconteceu (para mim) em 11,10 que eu tenho sido usando desde beta 2, então eu nunca tentei encontrar uma correção permanente.