O NM pesquisa a fusão de vários arquivos: link
Se você ativar o registro de depuração, o NM também registrará linhas como:
NetworkManager[388]: <debug> [1481627729.0469] dhcp4 (wlp3s0): creating composite dhclient config /var/lib/NetworkManager/dhclient-wlp3s0.conf
NetworkManager[388]: <debug> [1481627729.0469] dhcp4 (wlp3s0): looking for existing config /etc/NetworkManager/dhclient-7111201a-568f-4568-a0ed-cd1d4df11e8f.conf
...
Para evitar carregar o seu arquivo dhclient.conf, crie um arquivo vazio que faça sombra nele (na verdade, eu não testei isso)