Uma configuração típica deve conter 3 partições:
1) A partição raiz para a qual cerca de 20-30GB deve ser mais que suficiente. 2) Uma partição swap que deve ser igual ao tamanho da RAM, caso você precise ser capaz de hibernar para o disco, ou menos, se não precisar de hibernação. 3) O diretório inicial que eventualmente conteria todo o outro espaço do seu disco rígido.
Dessa forma, você seria capaz de reinstalar o sistema operacional principal (na partição raiz) sem afetar seus arquivos e configurações pessoais (que residiriam na partição inicial).