Você precisa desativar a inicialização rápida no Windows. A inicialização rápida mantém as partições do Windows montadas quando você desliga as janelas, e é por isso que o ubuntu não consegue acessá-las e recongnalizar as janelas.
Vá para o Painel de controle > Opção de energia > Escolha o que os botões de energia fazem. Lá, clique em "Alterar configurações que estão atualmente indisponíveis", role para baixo e desmarque a opção "Ativar inicialização rápida".
Espero que isso ajude.