Eu tenho um laptop dual boot Ubuntu 14.04 / Windows 7 e notei que toda vez que eu edito um arquivo na minha partição Windows enquanto no Ubuntu, na próxima vez que eu inicio no Windows ele executa o chkdsk (eu assumo) desfaz o que eu acabou de mudar.
Isso é algo que você pode substituir ou existe uma maneira de editar esses arquivos sem problemas?