Eu não me preocuparia com isso. Não levará a problemas futuros apenas existentes. Um chainloader é usado no grub para inicializar janelas, o grub apenas passa o controle para o bootloader do windows para inicializar janelas. Basta usar um para inicializar no Windows quando precisar e não tocar nele. O bootloader do Windows de alguma forma acidentalmente instalado em duas partições por algum motivo.