Veja se há algum erro de E / S listado na saída. (Talvez você queira redirecionar a saída para um arquivo para que você possa passar por erros). Eu sei que, como recurso de segurança, o rsync desabilita a exclusão após o término se houver algum erro de E / S.
Seria útil ver a saída da execução do comando, mas eu entendo se você acha que não pode postar isso ...