Acredito que a única forma de atualizar segura é usar uma sessão do Ubuntu em tempo real . A instalação lhe dará a opção de atualização quando for aplicável.
Além disso, sugiro que você não use sua antiga partição Início ao atualizar. Isso ocorre porque alguns arquivos de configuração instalados podem causar problemas de compatibilidade com a nova versão do Ubuntu.
Pessoalmente, eu não acho que a atualização enquanto o sistema está montado deveria ter sido possível.