Aqui está um código bash (que eu escrevi depois que fiz esta pergunta). O array pagestarts contém os valores dos inícios de todas as páginas. Em seguida, coloca as páginas necessárias em arquivos chamados test1.pdf, test2.pdf.
#!/bin/bash
pagestarts=( 1 5 10 14 20)
i=0
lengthminus=${#pagestarts[@]}
lengthminus=$((lengthminus -1))
while [ $i -lt ${#pagestarts[@]} ]
do
if [ $i -ne $lengthminus ]; then
y=${pagestarts[$i+1]}
y=$((y-1))
pdftk input.pdf cat ${pagestarts[$i]}-$y output test$i.pdf
else
pdftk input.pdf cat ${pagestarts[$i]}-end output test$i.pdf
fi
i=$((i+1))
done