Se você estiver no Ubuntu ao vivo (do usb), provavelmente é melhor instalar apenas programas do Terminal com sudo apt-get install <package>
Se você instalou o Ubuntu, tente abrir o centro de software do Terminal digitando:
software-center
Ele então fornecerá dados sobre o que deu errado.
Além disso, você pode reinstalar o centro de software com este comando:
sudo apt-get update; sudo apt-get --purge --reinstall install software-center software-properties-common software-properties-gtk