Acabei de instalar o Ubuntu 16.10 e o gnome-shell. Na minha segunda tela, há uma linha transparente acima e abaixo da barra de título, como você pode ver na foto. (você pode ver o papel de parede do Ubuntu)
Eu só instalei o Ubuntu, o driver para minha placa gráfica (nvidia 367.57) e o gnome-shell. Eu mesmo reinstalei tudo, mas isso não resolveu o problema.