O SDK está extremamente quebrado em 16.10.
Problemas incluem
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Pacotes errados são escolhidos pelo atualizador (provavelmente é isso que você está enfrentando): link
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Emulador não inicializa: Emulador de toque do Ubuntu em 16.10
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Designer gráfico de interface do usuário não funciona
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Falhas aleatórias e instabilidade
Dado o ritmo de desenvolvimento do SDK até agora, acho que não será corrigido para 16.10 antes do lançamento de 17.04. Eu sei que isso pode não ser uma resposta satisfatória, mas eu recomendo que você faça o downgrade para 16.04. Você economizará muito trabalho se quiser trabalhar com o Ubuntu Touch.