Normalmente, meu Ubuntu 16.04 não é desligado via GUI. Então eu tentei via terminal e ainda não está funcionando. O mesmo acontece para a reinicialização, pois o terminal só mostra esta mensagem:
$sudo reboot now
Failed to start reboot.target: Transaction is destructive.
See system logs and systemctl status reboot.target for details.
$sudo shutdown now
Failed to start poweroff.target: Transaction is destructive.
See system logs and systemctl status poweroff.target for details
Caso seja importante, minha máquina não inicializa no grub primeiro ou em qualquer outro gerenciador de inicialização. Ele só entra direto no Ubuntu toda vez.