Eu não sei uma resposta definitiva, pois este é um problema muito complexo. Parece que pode haver um problema com a sua placa-mãe porque ela é muito antiga e também foi projetada para protocolos mais antigos.
Mesmo que você tenha substituído seu disco rígido, o clique poderia ser a placa-mãe com um circuito quebrado ou código corrompido enviando sinais errôneos para o disco rígido e fazendo com que o disco rígido movesse as cabeças de leitura / gravação muito longe em qualquer direção. Eu estaria interessado em saber se outras distribuições causaram os mesmos problemas para você.
Quanto a se é perigoso, poderia ser. Os discos rígidos normalmente não emitem ruídos durante a execução, e se o seu é, então eu tentaria descobrir o problema antes de executá-lo por muito tempo em caso de danos.