Parece-me que o seu servidor foi comprometido. O malware costuma usar nomes de processos aleatórios para escapar da detecção, o que explicaria por que nenhuma de suas pesquisas transformou nada e por que dkpg não sabia disso.
Você precisa limpar o servidor e reinstalar uma cópia nova. Você mencionou que estava usando uma versão mais antiga do Ubuntu. Certifique-se de manter a nova instalação atualizada! Toneladas de correções de segurança vêm através dos canos toda semana. Se você não receber essas atualizações, algo como isso acabará acontecendo. Espero que você tenha mantido bons backups de dados importantes, porque você não pode confiar em nada agora.