Você pode configurar um disco para ser desativado quando não for acessado por um determinado período de tempo
Você precisa editar o /etc/hdparm.conf
tente uma entrada ao longo das linhas de
/dev/disk/by-id/disk_id {
spindown_time = 36
}
O tempo de spindown está em blocos de 5 segundos, então 36 significa spindown após 3 minutos de inatividade.
disk_id é o id do disco que você deseja desmembrar ( ls -l /dev/disk/by-id para encontrar o disco correto)