O MongoChef é distribuído como um arquivo .tar.gz
e não é gerenciado pelo gerenciador de pacotes.
Portanto, você pode apenas fazer um sudo rm -rf <path to old mongochef folder>
e estará bem.
EDIT: Para encontrar a antiga pasta mongachef, faça um
sudo find / -name mongochef.sh -type f
Ele produzirá algo como
/your/path/old-mongochef/bin/mongochef.sh
/another/path/new-mongochef/bin/mongochef.sh
Uma é a instalação antiga, a outra é a nova instalação. Certifique-se de identificar corretamente a pasta de instalação antiga.
Aqui seu diretório de instalação do MongoChef é /your/path/old-mongochef
e você pode removê-lo com
sudo rm -rf /your/path/old-mongochef