As configurações são aplicadas à interface gráfica X (Gnome, KDE ...) por usuário.
Portanto, se você alterou algumas configurações enquanto estava logado como root (*), você não encontrará as mesmas configurações aplicadas ao fazer login como outro usuário.
(*) Nota lateral: isso é considerado inseguro. Sempre efetue login no X como um usuário sem privilégios e faça o escalonamento para o usuário root sempre que necessário.