Supondo que você escolheu o caminho de instalação padrão, todos os pacotes são instalados em $HOME/.local/share/umake/
Então você pode listá-los e atualizá-los assim:
for path in $(ls -d $HOME/.local/share/umake/**/*/); do
package=$(basename ${path});
type=$(basename $(dirname ${path}));
echo "Reinstalling ${package} of ${type}";
umake --remove $type $package && umake $type $package;
done