Aqui está a correção que funcionou para o meu MacBook Pro 12,1 (Retina) no Xubuntu 16.04 LTS "xenial" executando o kernel 4.8.0-51 generic
Backup antes de editar:
nano /usr/share/X11/xkb/symbols/pc
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key <LSGT> { [ less, greater, bar, brokenbar ] };
e adicione
key <LSGT> { [ grave, asciitilde, grave, asciitilde ] };
Aplique a alteração
rm -rf /var/lib/xkb/*
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Agradecimentos a Timofey ( fonte aqui )