Acho que a melhor solução é mover todo o seu / home para outra partição, como explicado aqui link
Depois disso, reinstale o seu sistema. Você tocará na partição / mas não na partição / home.
Após a instalação, seguindo o mesmo tutorial: link veja o parágrafo "Movendo / home para / old_home"
Você pode mudar sua casa para o seu old_home.
Eu fiz isso no meu último trabalho e as informações de recuperação, schema_databases, e-mails de uma conta do Thundebird, propriedades svn e muito mais pensa.
Espero que possa ajudar você!