É difícil, a partir de sua descrição, saber o que deu errado. É possível substituir o arquivo casper-rw por uma partição com o rótulo casper-rw e um sistema de arquivos ext (ext2, ext3 ou ext4). Eu fiz isso manualmente, então eu sei que funciona.
Talvez a solução mais fácil para você seja instalar o mkusb e deixá-lo iniciar desde o início. Cria uma partição casper-rw para persistência automaticamente.
Você pode decidir quanto do espaço disponível na unidade usar para persistência. O restante (do espaço em disco disponível) será usado para uma partição usbdata , disponível também no Windows.
Veja estes links